
Lo splendido complesso cinquecentesco, realizzato in varie fasi, comprende un parco e un giardino all'italiana arricchiti da elaborate fontane, e due palazzine simmetriche (Gambara e Montalto) il cui progetto è attribuito al Vignola. L'idea si inizia a concretizzare già sul finire del XV sec. allorché il Card. Raffaele Riario iniziò la creazione di un parco a Bagnaia da destinarsi alle sedute di caccia; il nipote Ottaviano Visconti proseguì l'opera di circoscrizione e recinzione del parco, costruendo anche il Casino di Caccia (1521), mentre fu sotto il card. Niccolò Ridolfi, nel 1532, che le acque della vicina sorgente furono convogliate all'interno del parco in una prima vasca detta il Conservone.
Per il progetto vero a proprio della Villa si dovette aspettare il 1568, anno in cui si stabilì a Bagnaia, con il titolo di Vescovo della cittadina, il giovane Card. Giovanni Francesco Gambara; egli godeva della protezione della vicina famiglia dei Farnese (che nel frattempo a Caprarola andava terminando la propria Villa Fortezza) e richiese per il progetto della Villa di Bagnaia il loro architetto Jacopo Barozzi da Vignola. Il progetto prevedeva la costruzione di due palazzine gemelle la cui architettura, semplice e classicheggiante, riprendeva a modello il Belvedere Vaticano realizzato da Bramante nei primi anni del Cinquecento, con la stessa concezione di valorizzazione dello spazio circostante e la volontà, quindi, di far risaltare in primo piano la magnificenza dei giardini e delle fontane.
Nel 1578 i lavori alla prima palazzina (Gambara) e il Giardino all'Italiana si possono dire conclusi tanto chè è possibile la visita del Papa Gregorio XIII.
La decorazione degli interni viene attribuita ad un gruppo di artisti che lavorarono anche alla decorazione di Palazzo Farnese a Caprarola: Raffaellino da Reggio e il suo allievo Giovan battista Lombardelli, Antonio Tempesta, la scuola dei fratelli Zuccari. Nella Loggia, completamente affrescata con grottesche e scene mitologiche, si possono osservare quattro preziose Vedute delle più belle ville del Lazio: la stessa Villa Gambara a Bagnaia, Villa d'Este a Tivoli, Palazzo Farnese a Caprarola e a Capodimonte. Il nome del cardinale fondatore si trova più volte nella villa come anche lo stemma del gambero, con intenti chiaramente autocelebrativi.
Il prosecutore del progetto fu il Card. Alessandro Peretti Montalto il quale, tra 1590 e il 1600 ca., eresse la seconda palazzina (Montalto), su modello della precedente. Gli interni furono decorati tra il 1613 e il 1615 da un gruppo di pittori sotto la guida di Giuseppe Cesari detto il Cavalier d'Arpino. Tra questi Prospero Orsi si occupò della pittura delle grottesche, Agostino Tassi realizzò gli affreschi in trompe l'oeil nella volta della loggia a piano terra dove sono dipinte delle uccelliere con una raffinata tecnica basata sulla prospettiva illusionistica, Niccolò Trombetta e lo stesso Cavalier d'Arpino lavorarono assieme nella Sala della Fama mentre nel salone di conversazione quest'ultimo è stato sostituito in gran parte dal suo allievo Marzio Ganassini. I due palazzi assieme costituiscono il fondale architettonico del giardino all'italiana e ne riprendono la geometria incentrata sul modulo quadrato.
Se il disegno di giardini fu sempre opera del Vignola è pur vero che il complesso sistema di fontane che lo caratterizzano è opera di Tommaso Ghinucci senese, esperto in idraulica, il quale lavorò anche a villa d'Este a Tivoli; l'acqua sorgiva ricade dalla Fontana del Diluvio in quella dei Delfini, una sorta di piramide ottagonale in peperino, e da qui nella Fontana della Catena, sormontata da un gambero che fa defluire l'acqua lungo delle volute che corrono sopra una gradinata; la scenica catena d'acqua alimenta la Fontana dei Giganti, così denominata per le due possenti statue in peperino che la arricchiscono rappresentanti i fiumi Tevere e Arno, e poi, attraverso la fontana detta Tavola del Cardinale arriva alla Fontana dei Lumini a forma di piccolo anfiteatro con ben 70 zampilli, per terminare la sua corsa nella Fontana dai Mori, fulcro del geometrico giardino all'italiana formato da sedici quadrati, i quattro centrali facenti parte della fontana, mentre i dodici laterali presentano un disegno formato da aiuole sempreverdi le quali compongono una ricamata cornice di sicuro effetto scenografico.
Nel 1656 il Duca Ippolito Lante acquisiva la proprietà della Villa e gli conferiva il nome attuale; dal 1971 essa è divenuta proprietà statale.
Come si raggiunge: Il paese di Bagnaia si trova a 70 km a nord di Roma, dista soli 4 km da Viterbo e 30 minuti dall' uscita Orte dell'A1; da Roma si percorre la SS 2 Cassia fino Viterbo, poi si seguono le indicazioni per Bagnaia.
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